如果发烧39℃，多数是病原菌感染引起。当病毒、细菌、支原体等感染后，会在体内产生致热原，引起炎症反应，刺激体温调节中枢，使体温升高引起发烧。临床上常见于感冒发烧、肺部感染、肺结核、支气管扩张合并感染，还有泌尿系感染、胆系感染等。

另外，还有一些非感染因素，也可以引起发烧的症状，如严重的贫血、风湿病、恶性肿瘤等。

因此，如果发烧39℃，需要去医院检查血常规、C-反应蛋白、尿常规、胸片、腹部彩超等确定诊断，给予相应的治疗，并且要及时使用解热镇痛药物退热处理。