对于慢性淋菌性精囊炎鉴别，主要是同其他细菌感染引起的精囊炎相鉴别。因为一般的精囊炎是继发于泌尿生殖系统感染引起，大多数是由于外界的大肠杆菌，从而进入到尿道前列腺，继而进入到射精管精囊，导致精囊炎的发作，而对于淋球菌感染引起的精囊炎。

属于性传播疾病，属于淋病奈瑟菌感染，属于一种特殊细菌。因此，必须进行鉴别，主要是进行涂片和细菌培养。如果培养确定是淋球菌感染，那么必须使用敏感有效的抗生素对其进行对症治疗，否则容易耽误病情，导致性传播疾病的播散。