肾结核的治疗方法，主要是以药物治疗为主。通常药物的有链霉素、异烟肼、利福平、乙胺丁醇等一线抗结核药物，除此还有卡那霉素、环丝氨酸、吡嗪酰胺等，必须联合应用，一般经过积极的治疗，大多数的患者可以通过药物治疗得到控制，甚至是痊愈，对于初治及复治，治疗方案是不一样的。

但是还有一部分病人因为结核性的脓肾等引起发热，肾区疼痛等，就需要进行手术治疗，手术治疗的方案很多，视患者的病情而定。

此外，还要进行全身的治疗，包括休息、适当的活动、必要的药物治疗，以及充分的营养等，还有肾结核以外的器官的治疗措施，所以，肾结核的治疗是一个以药，以抗结核药物为主的综合治疗。