跑步时脚脖子疼，最常见的原因是：

1.由于踝关节周围的肌腱韧带的损伤而导致。比如长期的进行跑步或者是一次性的跑步，损伤到脚脖子周围的韧带软组织时，就可以出现脚脖子的疼痛。这时要通过局部的查体以及拍摄核磁共振检查，能够具体的诊断。

2.由于踝关节自身的疾病而导致。比如踝关节有骨性关节炎或者是有滑膜炎时，也可以出现在活动时脚脖子明显的疼痛。特别是在跑步、上下楼梯出现脚脖子明显的疼痛感、踝关节活动受限等一些症状，这时要通过X线片检查进行相应的诊断。

3.痛风。痛风的病人常可以出现踝关节周围的慢性的炎症或急性的炎症而导致疼痛，在跑步以及活动时疼痛加重。

所以，在跑步时有脚脖子疼痛，要早期的给予病因的检查，根据病因给予诊断和治疗。