刚怀孕40天可以进行药物流产，主要是使用米非司酮和米索前列醇等药物进行药物流产。

在药物流产前需要进行详细的检查，首先确定是宫内孕，并且孕妇年龄不要过大，年龄不宜超过40岁，并且必须在怀孕49天以内。应当先口服米非司酮使子宫软化，然后口服米索前列醇，能够促进子宫收缩。在进行药物流产时，阴道会排出分泌物，并且还伴有腹痛。

如果进行药物流产以后，阴道内长期存在出血的情况，可能是有胚胎残留，在必要时还应考虑进行清宫手术。