怀孕40天在B超下能够确定妊娠囊的大小，可以药物流产。如果女性月经周期不规律，怀孕40天在B超下不能够看到妊娠囊的发育，就不可以药流。或者是发生了宫外孕，也不可以药流，否则会导致大出血，女性甚至有生命危险。

在40岁以下的女性如果怀孕了，月经周期规律的，在停经49天以内无服药禁忌证的情况，都可以选择药物流产终止妊娠。

正常情况下，停经40天孕囊大小在宫腔内会达到1.0cm左右，就可以采取药物流产处理。