发烧出现肠胃不舒服症状后，要及时去医院检查血常规，确定是否存在细菌，或者是病毒感染情况，然后针对性选择药物进行治疗。

对于细菌感染时，多选择抗生素类药物治疗。病毒感染时，可以使用抗病毒药物治疗。如果发烧的体温超过38.5℃或者是患者的精神状态比较差，也可以使用退烧药物治疗。

发烧以后出现胃肠不舒服的症状，多是由于体温升高以后对于胃蛋白酶的活性造成影响，从而使胃肠道的蠕动功能减慢，引起腹胀、反酸、恶心、呕吐、腹泻等胃肠道症状。