导致脖子两侧疼痛的原因，常见的有以下几个方面：

1.桥本氏甲状腺炎，即慢性淋巴细胞性甲状腺炎。是由自身免疫引起，出现脖子两侧甲状腺区的肿胀、疼痛，可行甲状腺功能及相关抗体，超声检查明确诊断。

2.颈肌筋膜炎，包括颈部胸锁乳突肌、肩胛舌骨肌等。由于肌肉劳损，或肌筋膜受到长期过度的冷热刺激，或静力负荷，出现组织结构慢性炎症改变，导致脖子两侧疼痛。

3.神经根型颈椎病。颈椎间盘突出，压迫神经根，导致脖子两侧疼痛不适。通常行颈椎核磁或CT检查可明确诊断。