本病应该与遗传性胃肠道息肉病、伴有粘膜皮肤色素沉着症、遗传性结肠息肉综合征、图尔古特综合征、Gardner综合征等胃肠道息肉病相鉴别。

这些疾病均不伴有外胚层异常的改变，有助于疾病的鉴别。多发性消化道息肉综合征指发生在中老年患者，具有消化道多发性的息肉，为青年型错构瘤性或炎症性的息肉。

同时伴有外胚层异常和伴有严重的间歇性腹泻、腹痛、肢体麻木、刺痛等胃肠和神经系统症状的一组症候群。