巧克力囊肿彻底根治的办法就是做手术，将囊肿切除，将子宫、卵巢一并切除，否则是没法进行根治的。

巧克力囊肿也称为卵巢子宫内膜异位囊肿，它主要是因为异位的子宫内膜生长于卵巢，随着病变发展，异位的内膜不断侵犯卵巢皮质，并在其内生长，反复周期性出血，形成单个或多个囊肿性的病变。

如果患者症状比较轻，对于卵巢巧克力囊肿的治疗是采用药物治疗，通过药物抑制患者的疼痛症状，抑制雌激素合成，使内膜萎缩，缓解症状。如果想要根治，就必须采用手术治疗将囊肿切除。