先天性胆总管囊肿手术后具有后遗症的。

首先，胆总管囊肿的切除，不可避免地需要切除部分胆囊，进而影响胆囊胆汁的分泌，甚至导致胆囊萎缩，造成消化不良的临床症状。

其次，手术后可能由于伤口未杀菌消毒处理，或自己没有对术式部位进行保护，导致产生局部感染，进而引发了发烧和呕吐的临床症状。同时先天性胆总管囊肿的切除手术后，经常性发生反流性胆管炎，可使用消炎类药物进行治疗。

一般胆总管囊肿使用手术切除治疗后，不会有复发危险。