引起自然流产的原因非常多，大体可以分为以下四类：

第一，是胚胎本身染色体发育有问题，这也是引起自然流产的比较常见的原因。

第二，是母亲合并有生殖系统的疾病，如：纵隔子宫、黏膜下肌瘤、宫腔黏连等，以及孕妇体内激素水平不足，如：多囊卵巢综合征、黄体功能不全、甲状腺功能低下等，或者合并有其它的疾病，比如：严重的感染、高热疾病、慢性肝肾疾病、严重的贫血等。

第三，是父亲因素：如父亲精子发育异常。

第四，是环境因素：就是孕妇在孕期接触过多的放射线以及有毒的化学物质，或者长期处在有毒的环境当中都容易引起自然流产。