自身导致自然流产的原因有孕囊染色体异常、女方卵子异常、男方精子染色体异常以及孕妇本身患有比较严重的感染性疾病，或者有一些性传播疾病的存在，还有女性体内具有弓形虫和一些病毒存在时也会导致自然流产。

如果女性生殖器官发育畸形，例如纵隔子宫、双角子宫，孕囊着床之后生长过程中空间受限，同样也会发生自然流产。

临床会建议有过自然流产史的女性在选择备孕时，要到生殖医学科正规就诊排查原因之后再备孕，最大程度保证优生优育，