一觉起来出现肩胛骨疼痛的临床症状，可能是由于睡觉前进行了剧烈活动或者重体力劳动，导致一侧肢体肩关节以及肩胛骨部位，出现软组织疲劳性损伤，在睡觉起来会出现疼痛的症状。

还可能是由于睡觉的姿势不正确，或是身体扭曲导致肩胛骨部位的肌肉、软组织等，出现长时间压迫导致无菌性炎症产生，睡起来后就会出现肩胛骨疼痛。

如果没有任何原因导致，一定要排除肿瘤的可能性，建议完善肩胛骨的X线片或者局部彩超，明确是否由于肩胛骨占位性病变导致，可以选择积极的手术治疗措施。