中毒性肾病的发病原因有内源性和外源性。

外源性的发病是接触有毒物质而导致，比如重金属以及某些肾毒性药物。有急性肾小管坏死、急性过敏性间质性肾炎、肾小管梗阻、肾功能障碍，治疗不及时，或者严重的会导致肾功能衰竭。

内源性的中毒性肾病，有高钙、高钾、低钾、高磷血症、高尿酸血症、肌红蛋白尿以及血红蛋白尿等都可以引起肾间质性小管疾病，比如造成肾小管性酸中毒。治疗不及时，也可以导致肾功能损害。