中毒性肾病首先需要与泌尿系感染鉴别。泌尿系感染尿检有细菌感染，没有肾毒性药物服用病史，也没有重金属物质等对肾有毒性的环境和物质接触史；而中毒性肾病如果没有伴感染的话，尿检没有白细胞，没有菌尿。

也需要与糖尿病肾病鉴别。中毒性肾病既往没有糖尿病病史。

与特发性尿钙增高相鉴别。特发性尿钙增高症是肾小管重吸收钙能力降低，以致尿钙排出增加，导致尿路结石及骨质疏松，为原发性肾小管缺陷。