引起冠状动脉瘤终止异常的原因比较复杂，但是，导致冠状动脉终止异常的主要原因是胎儿在胚胎发育过程中发育异常引起。

特别在胚胎发育的早期，心外膜血管以及心腔血管与心肌窦状间隙相通，随后发育为冠状动脉终止异常。而导致这些发育异常的原因，有可能是孕妇在怀孕过程当中接触过多的放射性物质，比如接触放射线或其它放射性物质等，也有可能是孕妇摄入叶酸不足。

另外，孕妇在怀孕过程当中或者怀孕之前，口服导致胎儿畸形的药物，也可能导致冠状动脉终止异常。