肠胃炎的患者在治疗时，主要以口服抗生素、黏膜保护剂、减少胆汁反流的药物治疗为主。

肠胃炎在临床上主要以急性肠胃炎多见。如果检查确定是细菌感染引起，可口服抗生素类药物，如庆大霉素、黄连素等。幽门螺旋杆菌感染引起的肠胃炎，治疗时还应该配合杀灭幽门螺旋杆菌的药物。同时还应该配合硫糖铝、氢氧化铝凝胶，能够保护胃肠道的黏膜，增强机体抗病能力、抵抗力。同时还应该配合吗丁啉、胃复安增强胃肠道动力，加强、加速胃肠道蠕动，使食物能够快速的排空，减少胆汁的反流。

如果疼痛症状比较明显，还应该配合解除痉挛、止疼类的药物，如654-2来进行治疗。