胆囊萎缩有结石需要积极手术切除胆囊，除非有明显的手术禁忌证，如合并严重的心肺系统疾病、体质虚弱不能耐受手术者。

因为胆囊萎缩后，胆囊失去其浓缩、储存及排出胆汁的功能，胆囊体积变小，胆囊壁也会逐渐变薄，而呈现出淡蓝色的胆囊，并且胆囊壁发生癌变的风险也会大大增加。

因此，胆囊萎缩合并有胆囊结石时需尽早手术，其手术方式首选腹腔镜下胆囊切除术，若术前发现胆总管有扩张者，术中还需要探查胆总管内有无结石。术后胆囊需做病理学检查，以明确胆囊的病变。