孕39周出现右侧腰疼的情况，要考虑是否由于增大的子宫压迫右侧输尿管，导致肾盂积水，引起肾盂、肾炎或者出现了阑尾炎情况。

正常情况下，随着妊娠发育，增大的子宫会向右侧旋转，容易压迫右侧输尿管。可以通过肾脏B超检查，了解右侧肾盂有无扩张，有无伴随着右侧肾区叩击痛及发热情况。阑尾炎可以通过B超的方式了解阑尾部位有无异常改变。

如果出现右侧肾盂、肾炎，可以通过抗炎治疗的目的达到治疗效果，同时要保持左侧卧位，缓解右侧肾区压迫。对于阑尾炎可依据严重程度，通过手术或药物治疗的方式处理。