发烧后晚上腰痛难忍，可能是感冒、肾结石、泌尿系统感染等引起的。

感冒发烧的时候，有的会出现严重中毒的症状，比如畏寒、腹泻、全身肌肉关节酸痛等。感冒发烧出现腰疼的症状，考虑与腰部肌肉酸痛有关。感冒发烧有时会触发免疫反应，造成肾脏损害，比如肾脏急性期出现充血，也会引起明显腰疼。

另外，肾结石本身不会引起发烧，但是肾结石嵌顿可能会发生感染导致体温升高。肾结石转移到输尿管，对输尿管造成刺激、堵塞，导致产生明显肾绞痛也就是腰疼。

如果除了发烧，还伴有排尿方面的障碍，考虑与泌尿系统感染有关。泌尿系统感染加重，如果形成肾周感染、肾脓肿等，会造成比较严重的腰疼症状。