巧克力囊肿如果是恶性，需要尽早配合医生采取手术切除卵巢和子宫等，以免引起癌细胞继续发生远处器官转移，给女性带来更大身体损伤。

手术完，等身体恢复以后，一般还需要配合医生做化疗，治疗效果比较好。巧克力囊肿是否是恶性，一般是根据囊肿的大小来判断。

如果巧克力囊肿大于3cm，基本就可以诊断恶性，需要尽早手术治疗。因为随着囊肿逐渐长大，超过3cm以上，即使没有发生癌变，也非常容易引起囊肿破裂，导致女性出现大出血症状，影响女性身体健康。