卵巢巧克力囊肿，到目前为止还没有发现恶性的。之所以会发生卵巢巧克力囊肿，主要是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部，当子宫内膜周期性的脱落出现出血的时候，移位在卵巢的异位症病灶也会出现出血的现象，天长日久就在局部形成了囊肿。

这种囊肿随着时间的推移，会逐渐地增大，并且在临床上会表现为痛经的现象，还可能会出现不孕不育；所以，建议一旦发现尽快地给予手术治疗，如果不及时地手术，随着时间推移囊肿的增大、压力的增高，会导致囊肿出现破裂的现象。

一旦破裂后果非常严重，会导致大量的具有活性的子宫内膜细胞种植在盆腔、腹腔，而引起广泛的局部子宫内膜异位症现象，所以就建议及时治疗。