新生儿在出现先天性食管狭窄时，采取手术麻醉会有以下这些危害：

一、孩子的年龄比较小，采取手术麻醉会导致孩子以后的成长发育受到影响，因为新生儿的各项指标都比较的差，而且身体比较的虚弱。

二、采取麻醉的过程中会存在一些风险性，所以在麻醉的时候需要注意观察患儿的身体状况。

新生儿在患有先天性食管狭窄时要及时采取手术治疗，要根据患儿的病况来选择合适的手术方法来治疗这种疾病。麻醉的过程中，要注意观察患儿的身体状况，这样才能够促进手术的顺利进行，也能够防止对患儿的身体造成严重的影响。