小孩子在早上起来的时候咳嗽有黄色的痰，考虑存在着以下几种疾病：

1.有可能是跟孩子存在着支气管肺炎疾病有关系，而且此种疾病状态之下感染的病原体跟细菌感染有关系，所以会刺激到孩子呼吸道黏膜表面的腺体分泌功能旺盛，从而就会有一些黄色的痰分泌出来。

2.有可能是跟孩子存在着肺脓肿疾病有关系，所以在早上起床的时候会咳出许多黄色的痰。

3.有可能是跟孩子存在着鼻窦炎有关系，鼻窦腔里面的一些脓性分泌物随着孩子体位突然改变，就会流入到咽喉部位，从而刺激出现咳嗽。