治疗慢性肠炎的药物有以下几种：

1.出现慢性肠炎时，首先可以选择肠道粘膜保护剂进行治疗，常用的药物包括蒙脱石散等，可以有效的改善肠道内环境，提高肠道黏膜的保护功能，促进肠道炎症的康复。

2.同时还可以配合抗生素帮助恢复，若患者病情较重同时伴有腹泻的患者，需要静脉滴注抗生素进行治疗，另外还要及时补充电解质，预防脱水。

3.对于上述治疗效果不明显的患者，需要采取药物灌肠等方式进行治疗，临床上常选择美沙拉嗪、复方黄百叶等药物，对治疗慢性肠炎都有非常好的疗效。