森林脑炎的症状主要表现为高热，患者在发病后的2~3天，体温可达到高峰，多数患者高热症状可能会持续5~10天。

患者也会出现意识障碍以及神经方面的损害，比如意识模糊、嗜睡，同时伴有精神错乱、狂躁不安等症状。严重者可出现昏睡，甚至昏迷。还可表现为头部剧烈疼痛、颈部强直以及呕吐等脑膜刺激征。

此外，患者可能会产生肌肉瘫痪，通常表现为肩胛部及颈部肌肉瘫痪，大部分患者在2~3周后可逐渐恢复，仅有少数患者可能会遗留肌肉萎缩。