森林脑炎比较常见的并发症是支气管肺炎，常见于伴有延髓麻痹或者是昏迷的患者。也可能会出现唇疱疹以及心肌炎等并发症，还可能会出现经常反复性头痛、言语障碍、脊神经瘫痪等并发症。

此外一些患者可能会产生共济失调的并发症，主要表现为运动不协调、平衡障碍，同时伴有姿势异常以及步态异常等。少数患者可能会出现病情迁延数月或者是一至两年，致使患者出现癫痫、迟发性瘫痪、精神障碍等并发症。

针对森林脑炎患者，应及时对症治疗，同时做好生活管理和心理护理，防止和减少并发症出现。