引起手指甲凹凸不平的原因较多，常见原因有以下几点：

1.真菌感染。尤其是本身有灰指甲的人，由于存在真菌感染问题，如果不注意个人的卫生，会导致自身传播，容易致使手指甲也出现相应的症状，比如指甲凹凸不平或粗糙、颜色发生变化等。

2.体内缺乏营养元素。比如平时暴饮暴食或挑食、偏食，容易造成体内营养失衡，可能使指甲的生长营养供应不上，影响到指甲的正常生长，导致指甲出现凹凸不平。