畸胎瘤手术会不会切除卵巢取决于卵巢肿瘤性质、肿瘤分期、年龄、生育要求等具体病情来决定。

畸胎瘤大多数发生在卵巢，分为良性畸胎瘤、交界性或者恶性畸胎瘤。如果彩超或者盆腔CT、磁共振等影像学检查提示附件包块畸胎瘤可能，大小6cm，是需要手术治疗的。术中先行卵巢囊肿剥除术，送快速病理检查，如果病检提示是良性的畸胎瘤，对于没有绝经的女性，是不需要切除卵巢，而且医生会尽可能保留正常卵巢组织。如果已经绝经的老年女性，也可以选择切除患侧卵巢和输卵管。

如果是交界性或者恶性畸胎瘤，需要根据具体病情、肿瘤分期、病人有没有生育要求等，来确定手术需不需要切除卵巢，甚至行卵巢癌根治术。