早上起床肚子痛的原因可能是有急性肠炎，特别是昼夜温差较大，没有盖好被子，腹部受凉时更容易导致患者出现腹痛。

部分患者还可能会伴有恶心、呕吐以及大便次数增多等临床表现，需要及时的添加衣物，避免受凉，并且调整饮食结构，给予口服解痉止痛药物以及胃肠黏膜保护剂，促进疾病的缓解。

部分有十二指肠溃疡的患者也可能会出现上述的临床表现，表现为饥饿疼痛，该类疾病需要口服抗生素治疗以及联合使用胃黏膜保护剂，必要时需要使用四联疗法。