早上起床脚脖子酸痛可能是以下原因所导致：

1.如果在白天时站立或者活动时间过久，可能会导致脚脖子部位的软组织存在轻度的劳损，在早上起床时就会出现脚脖子酸痛的症状。通常不需要特殊治疗，可进行热敷或者中药熏洗，通常在2~3天左右会恢复正常。

2.如果踝关节部位存在过扭伤，休息一夜后，可能会使踝关节部位的血液循环变差，在早上起床时，脚脖子部位就会出现酸痛的症状。

3.如果患有类风湿性关节炎，也会导致早上起床脚脖子酸痛，可能还伴有晨僵等症状。