两只眼睛不对称，若是双眼球大小不对称可见于小眼球、小角膜、大角膜、永存原始玻璃体增生症等等，这种情况，多因患儿在胚胎发育时期，发育异常导致。

若为两眼眼位不对称，常见于斜视患者，在小婴儿，也可见于婴儿假性内斜视，多因患儿鼻梁宽、平，内眦赘皮导致患儿双眼内斜视外观，随着患儿面部发育，可逐渐改善。

若患者有斜视，可因屈光不正导致，因此应尽早矫正，以免患者弱视形成，也可通过手术治疗矫正。