两只眼睛不对称，可能是先天性的发育异常，或者眼睑、眼部肌肉相关疾病引起的，主要有以下几种情况：

1.患儿患有单眼小眼球等先天性发育不良的眼病，或在胚胎发育过程中受到影响，出生后双眼有不对称的情况。

2.部分婴幼儿眼睛、鼻梁、颧骨等位置的骨骼结构发育不成熟，可能有暂时性的双眼不对称表现。当五官结构成熟后，不对称的症状会随之消失。

3.因后天用眼不当，长期患有斜视、上睑下垂、眼睑外伤等疾病，可不同程度地导致双眼大小不一致。