肛瘘有炎症患者可以口服抗生素控制局部的炎症，由于肛瘘感染大多为混合性的感染，所以需要口服广谱抗生素，例如左氧氟沙星等，必要时还需要联合用药，需要加用抗厌氧菌的抗生素，例如甲硝唑。

对于感染症状比较严重的肛瘘患者，可以采用静脉使用抗生素抗炎治疗。一些肛瘘患者平时瘘管就会有慢性的炎症，如果局部肿痛症状不明显，不需要使用抗生素。

但肛瘘通过用药仅能控制症状，并不能治愈肛瘘。肛瘘都需要通过手术治疗才能完全治愈，所以建议患者及时去医院行手术治疗。