早期症状比较轻的肛乳头肥大可以采用保守治疗，可用中草药祛毒汤进行肛门熏洗坐浴，能够改善肛门局部的血液循环，坐浴熏洗后肛门内可纳入痔疮栓，肛乳头处可外涂红霉素软膏或痔疮膏。

早期积极治疗肛窦炎，可以预防肛乳头肥大的发生，对于较大的肛乳头肥大，如果有脱出，应该及时还纳肛门内，以免发生嵌顿、水肿、坏死和出血。

肛乳头肥大虽然为良性病，也有恶变的趋向，主张早期手术切除。