肛乳头肥大可以通过体格检查以及辅助检查诊断。

对于未脱出肛门的肛乳头肥大，可以通过肛门指诊，触及肛门内3cm左右的位置有光滑、质硬的肿物，可以是单发也可能是多发。通过肛门镜可以直接观察到肥大的肛乳头，呈白色或者粉红色，大多呈棒槌状，也可能呈乳头状，基底位于齿状线。

对于已经反复脱出肛门的肛乳头肥大，可以在肛缘直接观察到白色或者粉红色的肛乳头，表面光滑、质地偏韧，肛门镜可观察其基底位于齿状线。肛乳头肥大诊断还是比较简单，有经验的肛肠科医生可以单纯通过体格检查明确诊断。