确诊肛乳头肥大，可以通过临床症状、体格检查以及辅助检查来诊断。有经验的肛肠外科医生，可以从患者的症状以及体格检查作出准确判断。

肛乳头肥大会出现脱出肛门，质地偏韧，表面光滑，呈白色或者粉红色，大多呈棒槌状，有些也呈结节状。会导致肛门异物感、肛门坠胀不适等。多数肛乳头肥大会伴有肛窦炎、肛裂等并发疾病。肛门指诊可触及肛乳头肥大，肛门镜观察肥大的肛乳头基底位于齿状线。

综合以上一些可以对肛乳头肥大做出比较准确的诊断，也可以将其切除以后送病理切片检查，是最准确的诊断方法。