巧克力囊肿治疗方法主要分为药物治疗和手术治疗。

如果小的巧克力囊肿可采用药物治疗，如假孕疗法、假绝经疗法等，但一般药物治疗只能起到缓解症状和控制其发展的作用，在停药后就有可能复发，所以对巧克力囊肿多主张手术治疗，而对于较大的囊肿则需要以手术治疗为主，防止因身体运动而导致缔结扭转或破裂的情况发生。

手术治疗包括有腹腔镜手术和开腹手术，需要根据患者有没有生育要求来选择手术方式，术后做好定期复查。