巧克力囊肿和普通囊肿的区别主要有以下几点：

一、发生原因不同。前者属于子宫内膜异位症的卵巢病变的表现，与经血逆流有关。而后者发生原因有很多，如与月经周期、内分泌失调等有关。

二、表现症状不同。前者主要为继发性痛经、慢性盆腔痛、不孕等。而后者可没有任何不适，或出现下腹胀痛、月经异常等。

三、囊肿内容不同。前者囊液为巧克力样黏液，常常伴有盆腔粘连的现象。而后者不存在以上情况，一般为清亮囊液。

四、预后不同。两者都可通过手术治疗，但前者的复发率相对更高。

五、组织学的病理检查也可帮助区别。