巧克力囊肿和子宫肌瘤的区别很明显，巧克力囊肿它是长在卵巢上，子宫肌瘤它是长在子宫上。

巧克力囊肿会出现痛经，并且呈逐渐加重趋势，它会出现影响生育，影响排卵；子宫肌瘤比较小的时候一般不会出现对身体的影响，如果出现子宫肌瘤长在黏膜下或者子宫肌瘤比较大，引发月经改变，需要根据情况积极治疗。

子宫肌瘤多数是良性，极少数会有恶变倾向，不会引发痛经，子宫肌瘤的治疗可以观察，可以通过药物，也可以通过手术。巧克力囊肿治疗方法只能是通过手术进行治疗，并且术后容易复发。