脑干钙化主要和下面的因素有关系：

1.退行性变化。脑组织随着年龄增长，部分脑组织会出现退行性改变，出现钙化，这种正常性的钙化不会对日常生活和工作造成很大影响。

2.代谢系统疾病。例如甲状腺功能变化、甲状旁腺功能变化，脑组织可能会出现钙化。但是这种钙化在影像学检查上，一般表现为对称的图像，两侧脑室都可能出现钙化。

3.寄生虫感染。当有寄生虫感染，在虫体死亡后经常会出现钙化点，一般正常钙化并不会有特别明显的特殊症状，建议继续观察病情。如果出现明显病情变化，应该及时就诊，再采取相应治疗方法。