不论是直接还是间接暴力，都将引起脑组织的冲撞和移动，可使脑干撞击在小脑幕裂孔的切迹缘上或枕骨的斜坡上，或沿纵轴向下剧烈运动或扭转而造成脑干的损伤，或头部外伤导致颅骨严重变形。通过脑室内脑脊液冲击造成中脑导水管周围或四脑室底的损伤。

原发性脑干损伤，常合并有大脑半球弥漫性损伤。 单纯的脑干损伤并不多见，脑干包括中脑、脑桥和延髓，所以，需要注意预防颅脑意外损伤。