肛门脓肿和痔疮是两个完全不同的疾病，可以通过以下几点进行鉴别：

第一，临床症状。痔疮的症状有便血、排便时肛门肿物突出以及局部肿痛等，其疼痛症状相比较脓肿来说比较轻微，局部也没有红肿等感染征象，而肛周脓肿会表现为局部明显的红肿热痛症状，有些会伴有发热等全身症状。

第二，查体。痔疮一般表现为肛门内肿物的突出或者肛门缘突起的半球形肿物，肛周脓肿，肿物是位于皮下的硬块，压痛明显，有些会伴有波动感。

第三，治疗。痔疮一般以用药保守治疗为主，通过用药等保守治疗无法控制痔疮症状时，才考虑手术治疗，而肛周脓肿都需要通过手术治疗，才能完全治愈。