肛瘘不治疗会造成严重的后果，肛瘘口经常会持续性或间断性地流出少量脓血等黏液性的分泌物。

位置较高的肛瘘，因为肛管在肛门括约肌之外，瘘口不受括约肌的控制，粪便及气体会从瘘口排出，在污染衣物的同时，还会由于分泌物的刺激使得肛门周围的皮肤潮湿、瘙痒，有时甚至形成湿疹。

当外部瘘口愈合，瘘管内会有脓肿形成，病人会感到疼痛加重，同时伴有寒热、发热、乏力等全身感染症状。等到脓肿穿破或者切开引流之后，症状会得到缓解。如果一直不治疗，肛瘘会反复发作、迁延不愈。