肛瘘的治疗分为保守治疗和手术治疗。

肛瘘如果出现急性感染或者因身体其他因素不能接受手术的，可以在感染灶表面切小口进行引流，或者注射器抽脓处理，这种方法效果立竿见影，但是只是暂时的缓解症状，以后还是需要行根治性手术才能治愈。

肛瘘的手术治疗，需要结合肛瘘瘘管的位置高低。低位肛瘘一般单纯性肛瘘瘘管切开或者肛瘘瘘管切除术，就可以完全治愈。而高位的肛瘘，由于瘘管位置偏高，切开有可能会导致术后肛门失禁，所以大多行挂线术。