胆总管囊肿的切除手术具有一定的手术风险和术后并发症，主要包括：

1.发热，为临床上最常见的术后并发症。

2.出血，任何有创操作都会导致出血，术中的损伤和患者的凝血功能异常可加重出血。

3.吻合口的迁延愈合或不愈合，造成吻合口漏。

4.胆道系统的梗阻，可为术中操作所致，也可为术后水肿所致。

5.炎症反应，术中的机械创伤和手术创面的细菌感染所致。

除此之外，麻醉的风险、心脑血管的意外、术中其它脏器的损伤、术后的血管栓塞以及囊肿的复发，都是胆总管囊肿切除手术需要面临的危险。