肛瘘有可能会发生癌变，虽然癌变的可能性比较低，但在临床上还是有相关文献报道的，特别是病史超过10年以上的肛瘘患者，其癌变的概率会有所增加。

这是因为肛瘘患者会出现肛门局部反复的感染以及流脓，而长时间的感染刺激以及脓液对外口周围皮肤的刺激，都有可能会导致局部组织变性而出现癌变。

另外，肛瘘在临床上并无法自行愈合，所以肛瘘患者一旦明确诊断，应该及时行手术治疗，避免后期出现癌变而造成严重的后果。