多年的肛瘘会发生癌变。肛瘘长期不治疗，少数会转变为癌症。

一般认为肛瘘癌变与长期慢性炎症刺激有关，长期慢性炎症刺激有时会导致组织异型增生，进一步发展会发生恶性变。有些细菌感染如绿脓杆菌或结核杆菌感染迁延不愈，有导致癌变的可能。

长期大量使用各种外用药，也会导致癌变。肛瘘癌变是一个逐渐发展的过程，往往因单纯肛瘘不及时治疗，反复感染变为复杂性肛瘘 。复杂性肛瘘外口周围皮肤反复破溃愈合，再破溃，周而复始，肛周皮肤组织由软变硬，逐渐发生变性，导致癌变。

尽管癌变的发生率低，但一旦发生其危害较大。因此发生肛瘘应及时诊断、及时治疗，杜绝癌变的发生。