肛周脓肿根治术以后，也是会有后遗症的：

首先，就是容易出现肛门周围潮湿的情况。另外，可能会有肛门的闭合不严。肛周脓肿根治手术对于肛门周围肌肉具有一定的破坏作用，容易出现肛门轻微失禁的情况，严重的甚至是可以导致肛门的严重失禁。

另外，肛周脓肿在根治手术之后也还是有一定复发的可能性。在诊断明确以后主要的治疗方法就是通过手术进行治疗，目前在临床上也多是采用一次性的根治手术。

在手术之后一定要做到按时换药，保持手术创面引流的通畅，保持肉芽组织的新鲜。另外，排便之后也要使用中药进行坐浴，既可以保持局部的清洁，还具有良好的止疼效果。